Сан-Томе — столица и самый большой город государства Сан-Томе и Принсипи. Город назвали в честь апостола Фомы (São Tomé). Сан-Томе одновременно является столицей государства Сан-Томе и Принсипи, а так же столицей провинции Сан-Томе и центром округа Агуа-Гранде.